หลังจากระยะเวลาการทำงานปกติส่วนประกอบของเมมเบรนจะปนเปื้อนด้วยสารแขวนลอยหรือสารทนไฟที่อาจมีอยู่ในน้ำป้อน ในสภาวะมาตรฐานของการทำงานของระบบลดลง 10% หรือเห็นได้ชัดว่าเกิดการขูดหินปูนหรือคราบสกปรกควรทำความสะอาดทันที ใช้น้ำยาล้างน้ำและการเติมสารเคมีอย่างสม่ำเสมอเพื่อฟื้นฟูสมรรถนะของชิ้นส่วนเมมเบรนและยืดอายุการใช้งานของชิ้นส่วนเมมเบรน
ระบบควรล้างระบบทุกๆ 5 วันในระยะสั้นและปิดวาล์วหลังจากล้างออกเพื่อป้องกันการอุดตัน
ระบบดับในระยะยาว (มากกว่า 30 วัน) ให้เติมสารละลายโซเดียมไบซัลไฟต์ 1% เพื่อป้องกันการเจริญเติบโตของเชื้อแบคทีเรีย
